《麻醉2》不同於第1季6集篇幅，拉長為13集，劇組聘用23位醫療顧問打造逼真手術場面，砸了10多萬打造假人開刀，專業度獲醫療從業人員讚許，劇情方面則並找來孟耿如、李國毅加入主角群，各自飾演熱血記者、醫生揭露醫療、政治內幕。
而隨著《麻醉2》劇情格局拉大，導演透露當初劇本，寫不到一半就開拍，編劇團隊一度希望能以愛情線為主，最後因不符上季精神，大幅度修改劇本，李國毅、孟耿如的愛情線也刪減不少，甚至連主角個性都經過修改。「其實這些議題13集是說不完的，很多部分只能跳著講，體制也不會是一個人就能搞壞。」
而原先孟耿如飾演的女記者Zoe，角色個性設定為「純熱血」，最後也被推翻，180度大翻轉，刻意設計出角色個性上的缺陷。蕭力修透露，「一開始Zoe的角色就很平，只是單純熱血，後來才改掉，希望是比較貼近真實，像她為了寫新聞會去套話，會去偷陳顯榮的包包，希望角色能有一些缺陷，不是所謂的絕對正義，觀眾需要慢慢看角色的變化過程」；洪伯豪則透露，「劇中有在講世代的部分，我們就是設定30歲以下，25歲以上的人，對於出社會歷練幾年的人來說，純熱血的人要活下來很辛苦，也不夠有說服力，希望在熱血之下，各自承載缺陷，而非絕對正義。」
2位導演坦言羨慕國外影視工業成熟，但劇本不夠完整，也只能靠後製、過音等方面，盡力修補，「我們已經花了洪荒之力，還是只能做到這樣」。2人也坦言不只醫療從業人員過勞，影視環境也面臨相同問題，拍攝時常受限於時間和預算，甚至曾遇過連續3個月，天天拍攝16小時，苦笑稱所謂的良心劇，其實是爆肝劇，希望籌備期、劇本能有更多時間。「《麻醉2》之所以擴大議題，也是希望能讓觀眾去想問題根本在哪，在討論健保的時候，有沒有想過可能是工作環境讓大家生了病？」
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